于是双方各让了一步，御驾亲征的事情也就这样确定下来。
回到内宫之后，商毅又向后妃们说明，这次出兵日本，自己将要御驾亲征，而且丰臣薰将随自己一同出征。众后妃们到也没有什么异议，她们对商毅的信心，到是比大臣们要足得多。只是咛属商毅路上小心，注意安全之类。
不过这时亚莉桑徳拉也提出要求，这一次自己也要陪商毅一起出征。这个要求也得到了众后妃的一致赞同，因为亚莉桑徳拉本来就是军人出身，以前也经常领军出征，中华军进攻萨摩藩的战役，就是由她带队指挥的，有她一起去，也能帮商毅一把，再加上丰臣薰，在商毅身边有两个人陪着，也能够让人放心一些。
商毅当然不会反对亚莉桑德拉也跟着去，因为她不仅有在日本战斗的经验，而且还十分精通航海和水战，带她一起去，遇到事情，还可以有人商量一下，而亚莉桑徳拉的女儿商娥也快满四岁了，亚莉桑徳拉也可以放心的把女儿留在皇宫里，托其林凤舞照看。
随后商毅又宣布，立不满四岁的商寰为监国，当然监国只是一个名号，并不管事，其实商寰现在也管不了事，这样做只是表示，一但商毅这次出征有意外，那么商寰就可以继存皇位，将帝国延续下去。
众后妃们对这样的安排也并沒有异议，因为这并不是说这次出征日本有多么危险，商毅要安排好后事，而是凡事都要防止万一，而商毅虽然有三个儿子，但商寰最年长，另两个还在吃奶，因此也只能立商寰为监国。
后宫的事情处理好之后，也就开始布置这次出征的兵力和战术。
经过了内阁、国防部、统战部的开会商议之后，也做出了决定，这次出征日本的陆军，将出动山东军区第九军、北京军区第十一军，海军将出动北洋舰队第一、第二分舰队。分为南北两路向曰本发动进攻。
南路将由山东军区第九军和北洋第一分舰队组成，从登州出发，在九州岛登陆，首先占领九州岛，作为这次中国进攻曰本的基地，随后进攻四国，对本州岛的中部形成危胁，而北路由北京军区第十一军和北洋第二分舰队组成，首先到达中国在朝鲜的军事基地釜山，并以釡山为后方，渡过对马海峡，直接在本州岛的西南部登陆，首先救援受徳川军进攻的长州藩，然后两路合击，由西南向东北发动进攻。
同时由北洋舰队的第三分舰队付责运送物资、保障后勤等工作事务。
而商毅御驾亲征，也从皇宫护卫军中抽调了一个师、一个旅做为商毅的护卫兵力，而海军部也调集了以一级战列舰岳飞号，和三级巡洋舰四艘、四级驱逐舰二艘、五级护卫舰二艘，另外加上辅助战船四艘，一共十三艘舰队，成商毅的专门御驾舰队。
御驾舰队首先随南路军进攻九州岛，然后再到达本州岛，和北路军汇合，在本州岛指挥作战。
而在对荷兰方面，给吕宋曾派南洋舰队第三分舰队，帮助李华梅舰队，首先守住吕宋这一线，阻止荷兰再援助曰本，并且在吕宋积累物资、粮食、弹药，为下一步进攻巴达维亚，驱逐荷兰做好准备。
另外冈萨雷斯伯爵本来是打算返回欧州,一听说中国要进攻日本,也不觉勾动了一颗老军人的战斗情绪,因此也决定暂时停止回国,也参加这一次战斗。商毅对此也不会拒绝，于是在御驾亲征的人员中，又加上了冈萨雷斯伯爵的名字。
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